Totto-chan mengalami berbagai petualangan seru di Tomoe Gakuen. Ia dan teman-teman ikut uji keberanian di kuil saat gelap, jadi peserta lomba olahraga yang meriah, belajar tari balet, bercocok tanam, dan memasak. Banyak sekali yang ia alami di sekolah unik itu. Tapi, suatu hari, tiba-tiba ia dan teman-temannya tidak bisa lagi bersekolah di Tomoe. Apa yang terjadi ya?