Mama mendaftarkan Totto-chan ke sekolah baru. Nama sekolah itu Tomoe Gakuen. Di sana semuanya unik, kelasnya berupa gerbong kereta api, par murid bebas mempelajari pelajaran yang diminati pad ahari itu, mendengarkan cerita Kepala Sekolah sambil makan siang, dan banyak hal seru lainnya. Apa lagi ya yang dapat dipelajari Totto-chan di sana? Ayo kita ikuti petualangan Totto-chan di sekolah barunya!